В отчете "Список работников", при установке отбора "Состояние - не равен - Уволен", в отчет попадают уволенные на дату формирования отчета, сотрудники, какое именно состояние имеется ввиду?

видимо, они не были уволены. См. регистр Состояние сотрудников организаций

на шару отвечаю: мб там есть что то типо "в архив" в карточке сотрудника?

А в списке сотрудников, даты увольнения видны?