Нужно чтобы 1С (Розница) била товар в разные отделы. ФР один. Подскажите алгоритм как реализовывают такое? Может кто-то дорабатывал. По умолчанию в программе такой возможности нет.

Вписать в функцию продажи товара установку не первого отдела (как всегда), а отдела из данных товара.
Конечно, если там режим печати чека не текстовыми строками - просто Штрих-М всегда предлагал весь чек на ФР-е печатать текстовыми строками, а потом в конце (или начале) чека пробивать общую сумму одной операцией - так достигается большая гибкость при работе со скидками.