Перенес документы, справочники из одной БК в Другую БК, Оборотка не сходится.
Есть ли обработки которые могли бы сравнить две базы и показать различия данных?

те данные надо сравнить или конфигурацию?

Есть... Мозг называется..

(0) Пятница в разгаре.
Для начала покури сравнение файлов - там можно сравнить две обороти (если ты не догадался)

(3) обороти = оборотки