Допустим некая организация купила у меня штук сто картриджей для принтеров. Оформил счет на оплату. И после того как деньги упали на счет нажал создать на основании - расходная накладная. Но при попытке провести расходную накладную  выводит сообщение что не хватает запасов. Как я понял это происходит из за того что все мои запасы лежат не в складе а в розничной точке. Так почему нельзя создать расходную накладную с розничной точки?

Чего? Склад указывай розничный и с него продавай.