При переносе данных обработкой ВыгрузкаЗагрузкаДанных, в пустую базу, дублируется Валюта - Рубль, Если Справочник Валюты не тянуть во всех док-тах, на месте валюты - пусто,
Вопрос: На сколько это критично? Если я например групповой обработкой запихну валюту в реквизиты, где еще могут быть проблемы? или что можно сделать что бы рубль не дублировался?

ничего нельзя сделать, ВыгрузкаЗагрузкаДанных - переносит по ИД

если операция разовая и рубль в "пустой" базе уже как-то используется - проще в файле xml исправить ИД загружемого рубля

Узнать guid элемента в справочнике в приемнике, открыть xml текстовым редактором и заменить guid элемента справочника источника на guid приемника.

(2)  О! Это мысль ! Попробую!