Перенесли данные из БП 2 в ЗУП 3.0
Перенесли не вводом остатков, а создали документы кадровые и по расчету з/п начиная с лохматого года. Больничные спихали в документ начисления. В итоге суммы учитываются,а  дни нет

Интересует где указать кол-во дней для расчета среднего заработка?
Если брать полный год, то средний заработок считает правильно.
Но у сотрудника были больничные, которые в ээтот расчет попасть не должны

Дни в строках с начислениями, входящими в расчет среднего, в веденных документах указаны?

(1) да

(2) В ЗУП 3.1 есть коварный флажок - данные для учета общего среднего принимать к учету для расчета бльничных и наоборот, проверь, включен или нет.

Возможно, в нем проблема.