Нужно в запись xml записать объект
ФабрикаXDTO.ЗаписатьXML(ЗаписьXML, ОбъектXDTO);

В этом случае запишется пространство имен, но принимающая сторона его не примет.
Не хочется писать начало элемента, тест и конец элемента, хочется работать с объектами и затем из записывать.

Заменять строку после записи не вариант, большие файлы

Какие есть варианты?

Попробуй пустое пространство записать
ЗаписатьСоответствиеПространстваИмен("",)

(1)<Data xmlns="">
<Объект_Номенклатура xmlns="http://www.simple.org" xmlns:xs="http://www.w3.org/2001/XMLSchema" xmlns:xsi="http://www.w3.org/2001/XMLSchema-instance">

Сразу автоматом добавил свои имена

(2) Код покажи с ЗаписатьСоответствиеПространстваИмен()

(3)
    ЗаписьXML.ЗаписатьНачалоЭлемента("Data");
    ЗаписьXML.ЗаписатьСоответствиеПространстваИмен("", "");